迄今發現的密碼子共64種，能編碼氨基酸的密碼子共61種，另3種為終止密碼子。tRNA上不存在與mRNA上的終止密碼子配對的反密碼子。按Crick于1966年提出的變偶假說，反密碼子的第一位堿基與密碼子的第三位堿基的配對可以在一定范圍內變動（變偶），如U可以和A或G配對，G可以和U或C配對,但A和C只能分別與U和G配對。
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