一、試劑PCR儀
1.引物:決定擴(kuò)增的特異性。根據(jù)檢測(cè)的DNA不同,選用不同引物,每種病原微生物都有自己特異的引物。
2.耐熱的DNA聚合酶:此酶是從耐熱細(xì)菌中分離出來(lái)的,能耐受高溫90℃-100℃。
3.10×PCR緩沖液:500mmol/l KCl;100mmol/L Tris-HCl(pH8.4,20℃)150mmol/L MgCl2,1mg/ml明膠。10×PCR緩沖液隨酶一起購(gòu)買。
4.5mmol/L dNTP貯備液:將dATP、dCTP、dGTP和dTTP鈉鹽各100mg合并,加入滅菌去離子水溶解,用NaOH調(diào)pH至中性,分裝每份300μl,-20℃保存。dNTP濃度用UV吸收法測(cè)定。現(xiàn)用dNTP溶液均有商品化產(chǎn)品。
5.DNA模板:用處理液將待測(cè)標(biāo)本處理,不同處理方法、操作各異,但目的是暴露標(biāo)本中被檢測(cè)的DNA。
二、操作程序PCR儀
過(guò)去標(biāo)準(zhǔn)的PCR操作程序是將PCR儀必需反應(yīng)成份分別加入一微量離心管中,然后置于一定的循環(huán)參數(shù)條件下進(jìn)行循環(huán)擴(kuò)增。具體如下:
1.向一微量離心管中依次加入
DNA模板 102-105拷貝
引物 各1μmol/L
dNTP 各200μmol/L
10×PCR緩沖液 1/10體積
ddH2O 補(bǔ)到終體積(終體積50μl-100μl)
混勻后,離心15s使反應(yīng)成分集于管底。以上步驟僅在實(shí)驗(yàn)研究用,現(xiàn)在商品化試劑已將dNTP、10×PCR緩沖液,引物,ddH2O混合在一起,反應(yīng)體積為20-25μl,只要試驗(yàn)人員加入處理好的樣品就可以了。
2.加石蠟油50-100μl于反應(yīng)液表面以防蒸發(fā)。置反應(yīng)管于97℃變性10min。
3.冷至延伸溫度時(shí),加入1-5u Taq DNA聚合酶,離心30s使酶和反應(yīng)液充分混合。現(xiàn)在臨床使用試劑酶通常已加入反應(yīng)液中。
4.PCR儀的循環(huán)程序?yàn)椋?4℃變性30s,55℃退火20s,然后在72℃延伸30s,共循環(huán)30-35次。較為后一次循環(huán)結(jié)束后,再將反應(yīng)管置72℃溫育5min,以確保充分延伸。
PCR儀尚可用于組織標(biāo)本DNA的擴(kuò)增。由于固定組織標(biāo)本的DNA常發(fā)生降解,就給常用的分析方法如Southern轉(zhuǎn)印雜交等帶來(lái)一定困難。
在應(yīng)用PCR方法檢測(cè)RNA病毒時(shí),首先應(yīng)將RNA轉(zhuǎn)化成cDNA才能進(jìn)行擴(kuò)增,因?yàn)镻CR只能對(duì)DNA模板進(jìn)行擴(kuò)增,我們把這種RNA的PCR反應(yīng)稱為反轉(zhuǎn)錄PCR,簡(jiǎn)稱RT-PCR。把由RNA轉(zhuǎn)化成DNA的過(guò)程叫做反轉(zhuǎn)錄,反轉(zhuǎn)錄需要在反轉(zhuǎn)錄酶的作用下完成。
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