執業藥師考試是由國家人事部和食品藥品監督管理局組織的，屬于藥監系統；而藥師考試是國家衛計委組織的，屬于衛生系統。
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2、報名時間不同
執業藥師報名一般會在每年的7、8月左右，而藥師的報名一般會在每年的年底進行。
3、考試時間不同
執業藥師的考試時間是在每年的10月，而藥師的考試時間一般是在每年的5月份。具體以當年通知為準。
4、考試類型不同
執業藥師考試科目有四門，分別為藥事管理與法規、(中)藥學專業知識一、(中)藥學專業知識二、(中)藥學綜合知識與技能。初級藥師考試也有四門，分別為基礎知識、相關專業知識、專業知識、專業實踐能力。
5、報考要求不同
以本科為例，畢業從事相關工作3年才可以考執業藥師。但是畢業一年就可以考初級藥師。并且，執業藥師的工作證明可以是藥企開具，專業只要是藥學相關就可以。而藥師的工作證明必須是醫院、社區衛生所開出，畢業院校必須是相關目錄中規定的才可以。
6、使用方向不同
執業藥師考取之后一般是在藥店使用，國家規定每個藥店必須配備一個執業藥師。初級藥師是技術職稱，需要由單位進行聘任。
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